Mục đích sử dụng
Bộ phát hiện đột biến CRCdx® RAS là một xét nghiệm chẩn đoán Real-time PCR in vitro định tính (CE-IVD) nhằm phát hiện 35 biến thể của đột biến soma KRAS và NRAS exon 2, 3, 4 trong DNA gen được tách chiết từ các mẫu mô ung thư đại trực tràng (CRC), ngâm parafin (FFPE). Xét nghiệm này nhằm mục đích chẩn đoán đồng hành (CDx) để hỗ trợ xác định bệnh nhân ung thư đại trực tràng (mCRC) có thể được hưởng lợi từ việc điều trị bằng Vectibix (panitumumab) dựa trên kết quả xét nghiệm không phát hiện đột biến theo nhãn sản phẩm điều trị đã được phê duyệt.
Tính năng bộ
Phát hiện đột biến soma được tìm thấy trong exon 2, 3 và 4 của gen KRAS và NRAS. Bảng 1 liệt kê các đột biến được phát hiện bởi bộ thuốc thử này.
Bảng 1. Danh sách các đột biến trong KRAS và NRAS được phát hiện bởi CRCdx® RAS Mutation Detection Kit
Gene |
Exon |
AA Change |
Nucleotide Change |
Cosmic ID (COSV) |
Reaction Mix |
KRAS |
2 |
G12A |
c.35G>C |
55497479 |
1 |
G12D |
c.35G>A |
55497369 |
|||
G12R |
c.34G>C |
55497582 |
|||
G12V |
c.35G>T |
55497419 |
|||
G13D |
c.38G>A |
55497388 |
|||
G12C |
c.34G>T |
55497469 |
2 |
||
G12S |
c.34G>A |
55497461 |
|||
3 |
Q61H |
c.183A>T |
55499223 |
3 |
|
Q61H |
c.183A>C |
55498802 |
|||
Q61L |
c.182A>T |
55504296 |
|||
Q61R |
c.182A>G |
55498739 |
|||
A59E |
c.176C>A |
55568979 |
|||
A59G |
c.176C>G |
55604554 |
|||
A59T |
c.175G>A |
55499283 |
|||
4 |
K117N(AAC) |
c.351A>C |
55545304 |
4 |
|
K117N(AAT) |
c.351A>T |
55504752 |
|||
K117R |
c.350A>G |
55937655 |
|||
K117E |
c.349A>G |
55716212 |
|||
A146T |
c.436G>A |
55501778 |
5 |
||
A146P |
c.436G>C |
55541748 |
|||
A146V |
c.437C>T |
55498939 |
|||
NRAS |
2 |
G12D |
c.35G>A |
54736383 |
6 |
G12C |
c.34G>T |
54736487 |
|||
G12S |
c.34G>A |
54736621 |
|||
G13R |
c.37G>C |
54736550 |
|||
G13V |
c.38G>T |
54736480 |
|||
4 |
K117R |
c.350A>G |
104682079 |
||
3 |
Q61H (CAC) |
c.183A>C |
54736320 |
7 |
|
Q61H (CAT) |
c.183A>T |
54736991 |
|||
Q61L |
c.182A>T |
54736624 |
|||
Q61K |
c.181C>A |
54736310 |
|||
Q61R |
c.182A>G |
54736340 |
|||
3 and 4 |
A146T |
c.436G>A |
65731978 |
8 |
|
A59D |
c.176C>A |
54738004 |
|||
A59T |
c.175G>A |
54743124 |
Mục đích sử dụng
Bộ phát hiện đột biến CRCdx® RAS là một xét nghiệm chẩn đoán Real-time PCR in vitro định tính (CE-IVD) nhằm phát hiện 35 biến thể của đột biến soma KRAS và NRAS exon 2, 3, 4 trong DNA gen được tách chiết từ các mẫu mô ung thư đại trực tràng (CRC), ngâm parafin (FFPE). Xét nghiệm này nhằm mục đích chẩn đoán đồng hành (CDx) để hỗ trợ xác định bệnh nhân ung thư đại trực tràng (mCRC) có thể được hưởng lợi từ việc điều trị bằng Vectibix (panitumumab) dựa trên kết quả xét nghiệm không phát hiện đột biến theo nhãn sản phẩm điều trị đã được phê duyệt.
Nguyên tắc khảo nghiệm
Bộ phát hiện đột biến CRCdx® RAS là một xét nghiệm dựa trên phản ứng chuỗi polymerase (PCR) sử dụng mồi đặc hiệu alen trong phản ứng ghép kênh để xác định sự hiện diện của các đột biến trong tổng số 8 phản ứng trên mỗi mẫu. Xét nghiệm không phân biệt giữa các đột biến trong mỗi nhóm. Các thuốc thử trong bộ thuốc thử bao gồm tám (8) lọ hỗn hợp mồi / đầu dò được thiết kế để phát hiện các nhóm đột biến riêng biệt (xem bảng hàm lượng bộ thuốc thử bên dưới), năm (5) lọ hỗn hợp phản ứng (enzyme) và một (1) lọ hỗn hợp kiểm soát dương tính. Cần có nước không chứa nuclease để kiểm soát không có mẫu (NTC) hoặc kiểm soát âm tính nhưng không được cung cấp cùng với bộ thuốc thử. Bộ kit cho phép xét nghiệm 40 mẫu.
Quy trình kiểm tra bao gồm ba (3) bước đơn giản:
Xét nghiệm này có thể được hoàn thành trong khoảng 2 giờ kể từ khi phân lập DNA đến khi có kết quả xét nghiệm.
Thiết bị và vật liệu
Hiệu năng
Tính an toàn và hiệu quả của Bộ thuốc thử phát hiện đột biến CRCdx RAS đã được đánh giá trong một nghiên cứu phù hợp bên ngoài được thiết kế để chứng minh không thua kém Bảng vật liệu đối chứng Praxis® Extended RAS chẩn đoán đồng hành được FDA phê duyệt nhằm mục đích xác nhận việc sử dụng xét nghiệm chẩn đoán đồng hành tiếp theo cho panitumumab (Vectibix®). Mục tiêu của nghiên cứu là chứng minh sự tương đương không thua kém của CRCdx® với Praxis® Extended RAS để suy ra hiệu quả của kết quả điều trị bằng Vectibix® vì bệnh nhân CRC không có đột biến KRAS hoặc NRAS có thể được hưởng lợi từ việc điều trị. Mô FFPE của bệnh nhân CRC lâm sàng lưu trữ thu được từ kho sinh học đã được thử nghiệm với CRCdx® RAS và Bảng vật liệu đối chứng Praxis® RAS mở rộng được FDA chấp thuận. Tổng cộng có 398 mẫu đã được xét nghiệm. Nghiên cứu đối chiếu đã được thực hiện để ước tính phần trăm tương đồng giữa CRCdx® RAS và Praxis®. So sánh mức độ đột biến đã được thực hiện để đánh giá phần trăm phù hợp. Phân tích đối chiếu đã chứng minh rằng CRCdx® có các thuộc tính PPA = 99,6%, NPA = 92% và OPA = 96,2%.
Bảng 2. Tổng hợp các kết quả Dương tính Positive, Âm tính, và tỉ lệ đồng thuận tổng thể của CRCdx® RAS với Praxis
Praxis |
PPA |
NPA |
OPA |
||||
Mutant |
WT |
Total |
|||||
CRCdx |
Mutant |
223 |
14 |
237 |
99.6% |
92.0% |
96.2% |
WT |
1 |
160 |
161 |
||||
Total |